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English3dLOGO is a web server for the identification and analysis of conserved protein 3D substructures. Given a set of residues in a PDB (Protein Data Bank) chain, the server detects the matching substructure(s) in a set of user-provided protein structures, generates a multiple structure alignment centered on the input substructures and highlights other residues whose structural conservation becomes evident after the defined superposition. Conserved residues are proposed to the user for highlighting functional areas, deriving refined structural motifs or building sequence patterns. Residue structural conservation can be visualized through an expressly designed Java application, 3dProLogo, which is a 3D implementation of a sequence logo. The 3dLOGO server, with related documentation, is available at http://3dlogo.uniroma2.it/
Via, A., Peluso, D., Gherardini, P.F., de Rinaldis, E., Colombo, T., Ausiello, G., et al. (2007). 3dLOGO: a web server for the identification, analysis and use of conserved protein substructures. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 35(Web Server issue), W416-W419 [10.1093/nar/gkm228].
| Tipologia: | Articolo su rivista | |
| Citazione: | Via, A., Peluso, D., Gherardini, P.F., de Rinaldis, E., Colombo, T., Ausiello, G., et al. (2007). 3dLOGO: a web server for the identification, analysis and use of conserved protein substructures. NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 35(Web Server issue), W416-W419 [10.1093/nar/gkm228]. | |
| URL: | http://nar.oxfordjournals.org/content/35/suppl_2/W416.long | |
| IF: | Con Impact Factor ISI | |
| Lingua: | English | |
| Settore Scientifico Disciplinare: | Settore BIO/11 | |
| Revisione (peer review): | Sì, ma tipo non specificato | |
| Tipo: | Articolo | |
| Rilevanza: | Rilevanza internazionale | |
| Digital Object Identifier (DOI): | http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkm228 | |
| Stato di pubblicazione: | Pubblicato | |
| Data di pubblicazione: | 1-lug-2007 | |
| Titolo: | 3dLOGO: a web server for the identification, analysis and use of conserved protein substructures | |
| Autori: | ||
| Autori: | Via, A; Peluso, D; Gherardini, PF; de Rinaldis, E; Colombo, T; Ausiello, G; Helmer-Citterich, M | |
| Appare nelle tipologie: | 01 - Articolo su rivista |
File in questo prodotto:
| File | Descrizione | Tipologia | Licenza | |
|---|---|---|---|---|
| Via_etal_2007b.pdf | research article | N/A | Administrator Richiedi una copia |
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