Characterisation of mutational profiles associated with anti HIV-1 and anti-HBV drugs

- HIV-1 Utilizzando il modello dell’analisi di sopravvivenza è stata analizzata, durante l’interruzione terapeutica, la dinamica delle mutazioni conferenti resistenza agli inibitori nucleosidici della trascrittasi inversa (NRTI) di HIV-1. Sono state analizzate le sequenze della trascrittasi inversa del virus estratto dal plasma di 132 pazienti per i quali erano disponibili i risultati di almeno due test di resistenza genotipica successivi: uno in corrispondenza dell’ultimo fallimento ad un regime terapeutico contenente un NRTI ed almeno uno eseguito durante l’interruzione terapeutica. Si è osservata una differente velocità di scomparsa delle singole mutazioni conferenti resistenza agli NRTI, le stesse, inoltre, scompaiono indipendentemente le une dalle altre nella maggioranza dei pazienti. La scomparsa delle mutazioni M184V/I e K65R, che si verifica nella maggior parte dei pazienti, è rapida e associata con la riemersione del ceppo wild-type, confermando l’impatto negativo di tali mutazioni sulla fitness virale. Complessivamente, la scomparsa delle mutazioni conferenti resistenza agli NRTI non sembra essere un processo ordinato e nella maggior parte dei pazienti avviene senza specifiche interazioni tra le mutazioni. - HBV Al fine di studiare i differenti cluster di mutazioni associate a resistenza alla lamivudina nel virus dell’epatite B di genotipo A e D, sono state analizzate le sequenze della trascrittasi inversa del virus estratto dal plasma di 89 pazienti infetti. Il prelievo è stato eseguito durante un regime terapeutico fallimentare alla lamivudina. L’associazione delle mutazioni con il genotipo virale è stata determinata con il test del Chi-quadro e con un’analisi di regressione logistica multivariata. L’analisi di covariazione si basa su un’analisi di linkage gerarchico tramite la quale si costruisce una struttura ad albero che, a partire da un gran numero di cluster di piccole dimensioni, porta ad ottenere attraverso l’aggregazione successiva delle coppie di cluster più vicini, un unico grande cluster contenente tutte le associazioni tra mutazioni. Nel virus di genotipo A la presenza della mutazione M204V (prevalenza: 68.2%) nella trascrittasi inversa è il principale indice di fallimento alla terapia con lamivudina. L’analisi multivariata ha confermato che il genotipo A è l’unico fattore predittivo della comparsa della M204V (OR:14.5[95%CI:1.3-158], P=0.02). L’analisi di covariazione mostra che la M204V forma un cluster con le mutazioni della trascrittasi inversa L180M e L229V (corrispondente alla mutazione F220L nell’antigene S) e con la mutazione S207N nell’antigene S (bootstrap=0.95). Sia la mutazione F220L che la mutazione S207N sono localizzate nel quarto dominio transmembrana dell’antigene S. Al contrario, nel virus di genotipo D le mutazioni della trascrittasi M204V e M204I hanno una prevalenza simile (39.1% versus 45.3%, P=0.47) ed hanno differenti pattern di mutazioni compensatorie. La M204V forma un cluster con altre mutazioni localizzate nel dominio B della trascrittasi inversa (rtV173L, rtL180M, and rtT184A/S) (bootstrap=0.96), mentre la M204I forma un cluster con mutazioni localizzate nel dominio A della trascrittasi inversa (rtS53N, rtT54Y, and rtL80I/V) (bootstrap=0.96), senza presentare specifiche interazioni con mutazioni dell’antigene S. Il genotipo di HBV gioca, quindi, un ruolo importante nell’evoluzione della trascrittasi inversa sotto la pressione selettiva esercitata dalla terapia con lamivudina, il genotipo di HBV puo’, pertanto, avere rilevanza in termini di diagnosi, risposta immunologica e progressione della malattia.