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Knowledge on the population history of endangered species is critical for conservation, but whole-genome data on chimpanzees (Pan troglodytes) is geographically sparse. Here, we produced the first non-invasive geolocalized catalog of genomic diversity by capturing chromosome 21 from 828 non-invasive samples collected at 48 sampling sites across Africa. The four recognized subspecies show clear genetic differentiation correlating with known barriers, while previously undescribed genetic exchange suggests that these have been permeable on a local scale. We obtained a detailed reconstruction of population stratification and fine-scale patterns of isolation, migration, and connectivity, including a comprehensive picture of admixture with bonobos (Pan paniscus). Unlike humans, chimpanzees did not experience extended episodes of long-distance migrations, which might have limited cultural transmission. Finally, based on local rare variation, we implement a fine-grained geolocalization approach demonstrating improved precision in determining the origin of confiscated chimpanzees.
Fontsere, C., Kuhlwilm, M., Morcillo-Suarez, C., Alvarez-Estape, M., D Lester, J., Gratton, P., et al. (2022). Population dynamics and genetic connectivity in recent chimpanzee history. CELL GENOMICS, 2(6) [10.1016/j.xgen.2022.100133].
Population dynamics and genetic connectivity in recent chimpanzee history
Claudia Fontsere;Martin Kuhlwilm;Carlos Morcillo-Suarez;Marina Alvarez-Estape;Jack D Lester;Paolo Gratton;Joshua M Schmidt;Paula Dieguez;Thierry Aebischer;Paula Álvarez-Varona;Anthony Agbor;Samuel Angedakin;Alfred K Assumang;Emmanuel A Ayimisin;Emma Bailey;Donatienne Barubiyo;Mattia Bessone;Andrea Carretero-Alonso;Rebecca Chancellor;Heather Cohen;Emmanuel Danquah;Tobias Deschner;Andrew Dunn;Jef Dupain;Villard E Egbe;Olga Feliu;Annemarie Goedmakers;Anne-Céline Granjon;Josephine Head;Daniela Hedwig;Veerle Hermans;R Adriana Hernandez-Aguilar;Inaoyom Imong;Sorrel Jones;Jessica Junker;Parag Kadam;Mike Kaiser;Mbangi Kambere;Magloire V Kambale;Ammie K Kalan;Ivonne Kienast;Deo Kujirakwinja;Kevin Langergraber;Juan Lapuente;Bradley Larson;Anne Laudisoit;Kevin Lee;Manuel Llana;Miquel Llorente;Sergio Marrocoli;David Morgan;Felix Mulindahabi;Mizuki Murai;Emily Neil;Sonia Nicholl;Stuart Nixon;Emma Normand;Chris Orbell;Lucy J Ormsby;Liliana Pacheco;Alex Piel;Laura Riera;Martha M Robbins;Aaron Rundus;Crickette Sanz;Lilah Sciaky;Volker Sommer;Fiona A Stewart;Nikki Tagg;Luc Roscelin Tédonzong;Els Ton;Joost van Schijndel;Virginie Vergnes;Erin G Wessling;Jacob Willie;Roman M Wittig;Yisa G Yuh;Kyle Yurkiw;Klaus Zuberbuehler;Jochen Hecht;Linda Vigilant;Christophe Boesch;Aida M Andrés;David A Hughes;Hjalmar S Kühl;Esther Lizano;Mimi Arandjelovic;Tomas Marques-Bonet
2022-06-08
Abstract
Knowledge on the population history of endangered species is critical for conservation, but whole-genome data on chimpanzees (Pan troglodytes) is geographically sparse. Here, we produced the first non-invasive geolocalized catalog of genomic diversity by capturing chromosome 21 from 828 non-invasive samples collected at 48 sampling sites across Africa. The four recognized subspecies show clear genetic differentiation correlating with known barriers, while previously undescribed genetic exchange suggests that these have been permeable on a local scale. We obtained a detailed reconstruction of population stratification and fine-scale patterns of isolation, migration, and connectivity, including a comprehensive picture of admixture with bonobos (Pan paniscus). Unlike humans, chimpanzees did not experience extended episodes of long-distance migrations, which might have limited cultural transmission. Finally, based on local rare variation, we implement a fine-grained geolocalization approach demonstrating improved precision in determining the origin of confiscated chimpanzees.
Fontsere, C., Kuhlwilm, M., Morcillo-Suarez, C., Alvarez-Estape, M., D Lester, J., Gratton, P., et al. (2022). Population dynamics and genetic connectivity in recent chimpanzee history. CELL GENOMICS, 2(6) [10.1016/j.xgen.2022.100133].
Fontsere, C; Kuhlwilm, M; Morcillo-Suarez, C; Alvarez-Estape, M; D Lester, J; Gratton, P; M Schmidt, J; Dieguez, P; Aebischer, T; Álvarez-Varona, P; ...espandi
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.