The identification of mutations in the neurofibromatosis type 1 (NF1) gene has presented a considerable challenge because of the large size of the gene, the lack of significant mutational clustering, the diversity of the underlying pathological lesions and the presence of NF1 pseudogenes. Recently, denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) has been successfully applied to the mutational screening of NF1 yielding mutation detection rates of between 68% and 72.5%. To further testing its suitability in a routine diagnostic setting we evaluated prospectively, by means of DHPLC and DNA sequencing, all 60 exons and splice junction of the NF1 gene in a panel of 85 consecutive, genetically uncharacterized, NF1 patients (43 familial and 42 sporadic cases) from Sicily and Calabria (southern Italy). Germ-line mutations were identified in 64 subjects: twenty of these alterations were novel including two stop codons: c.3574G>T (E1192X) and c.4078C>T (Q1360X); five nucleotide substitutions: c.3327A>C (L1109F), c.3577T>A (F1193I), c.4180A>G (N1394D), c.4193T>A (V1398D), c.6364G>C (E2122Q); five small insertions: c.310_1insTAGCATAAACGATGCTGGTCCAGCA, c.1074_5insGAACCTGCTTTTT, c.4511_2insA, c.6488_9insA, c.6792_3insC ; six small deletions: c.4508delG, c.4625delA, c.5524delA, c.7017delT, c.7084_9delAACTCT, c.7365delT and two splice site mutations c.4269+1G>A, c.7806+1G>A. We also demonstrated four different NF1 gene mutations in four patients who had non-optic pathways brain gliomas of the same histological type and grade. None of the novel mutations was detected in 100 control chromosomes from a group of healthy individuals from Sicily and Calabria. These novel mutations contribute to the definition of the germ-line mutational spectrum of NF1. DHPLC confirms to be a rapid, efficient and accurate tool for NF1 mutational analysis.

L identificazione di mutazioni nel gene della neurofibromatosi di tipo (NF1) ha rappresentato un considerevole impegno a causa della: lunghezza del gene, mancanza di cluster mutazionali significativi, diversità di lesioni patologiche fondamentali e presenza di pseudogeni NF1. Recentemente la DHPLC (Denaturing High Performance Liquid Chromatography) è stata applicata con successo allo screening mutazionale di NF1 producendo una frequenza di mutazioni rilevate tra 68% e il 72.5%. Inoltre, testando la stessa convenienza in una diagnostica di routine, noi abbiamo valutato prospettivamente, per mezzo della DHPLC e del sequenziamento del DNA tutti i 60 esoni del gene NF1, compresi i siti di giunzione di splicing in un pannello di 85 pazienti NF1 consecutivi, geneticamente non caratterizzati ( di cui 43 casi familiari e 42 casi sporadici) e provenienti dal sud-Italia (Sicilia e Calabria) Mutazioni della linea germinale sono state identificate in 64 soggetti: 20 di queste erano nuove e comprendevano: due codoni di stop: c.3574G>T (E1192X) e c.4078C>T (Q1360X); cinque sostituzioni nucleotidiche: c.3327A>C (L1109F), c.3577T>A (F1193I), c.4180A>G (N1394D), c.4193T>A (V1398D), c.6364G>C (E2122Q); cinque piccole inserzioni: c.310_1insTAGCATAAACGATGCTGGTCCAGCA, c.1074_5insGAACCTGCTTTTT, c.4511_2insA, c.6488_9insA, c.6792_3insC ; sei piccole delezioni: c.4508delG, c.4625delA, c.5524delA, c.7017delT, c.7084_9delAACTCT, c.7365delT e due mutazioni nel sito di splicing c.4269+1G>A, c.7806+1G>A. Abbiamo inoltre dimostrato 4 differenti mutazioni del gene NF1 in 4 pazienti con gliomi cerebrali non-ottici dello stesso tipo e grado istologico. Nessuna delle nuove mutazioni è stata trovata in cento cromosomi di controllo di un gruppo di individui sani provenienti dallaSicilia e dalla Calabria. Queste nuove mutazioni contribuiscono alla definizione dello spettro mutazionale della linea germinale di NF1. La DHPLC conferma essere un rapido, efficente ed accurato mezzo per l analisi mutazionale di NF1.

Peluso, G. (2006). La neurofibromatosi di tipo I: uno studio di correlazione genotipo-fenotipo condotto su pazienti del sud Italia affetti da NF1.

La neurofibromatosi di tipo I: uno studio di correlazione genotipo-fenotipo condotto su pazienti del sud Italia affetti da NF1

PELUSO, GIUSEPPINA
2006-03-14

Abstract

L identificazione di mutazioni nel gene della neurofibromatosi di tipo (NF1) ha rappresentato un considerevole impegno a causa della: lunghezza del gene, mancanza di cluster mutazionali significativi, diversità di lesioni patologiche fondamentali e presenza di pseudogeni NF1. Recentemente la DHPLC (Denaturing High Performance Liquid Chromatography) è stata applicata con successo allo screening mutazionale di NF1 producendo una frequenza di mutazioni rilevate tra 68% e il 72.5%. Inoltre, testando la stessa convenienza in una diagnostica di routine, noi abbiamo valutato prospettivamente, per mezzo della DHPLC e del sequenziamento del DNA tutti i 60 esoni del gene NF1, compresi i siti di giunzione di splicing in un pannello di 85 pazienti NF1 consecutivi, geneticamente non caratterizzati ( di cui 43 casi familiari e 42 casi sporadici) e provenienti dal sud-Italia (Sicilia e Calabria) Mutazioni della linea germinale sono state identificate in 64 soggetti: 20 di queste erano nuove e comprendevano: due codoni di stop: c.3574G>T (E1192X) e c.4078C>T (Q1360X); cinque sostituzioni nucleotidiche: c.3327A>C (L1109F), c.3577T>A (F1193I), c.4180A>G (N1394D), c.4193T>A (V1398D), c.6364G>C (E2122Q); cinque piccole inserzioni: c.310_1insTAGCATAAACGATGCTGGTCCAGCA, c.1074_5insGAACCTGCTTTTT, c.4511_2insA, c.6488_9insA, c.6792_3insC ; sei piccole delezioni: c.4508delG, c.4625delA, c.5524delA, c.7017delT, c.7084_9delAACTCT, c.7365delT e due mutazioni nel sito di splicing c.4269+1G>A, c.7806+1G>A. Abbiamo inoltre dimostrato 4 differenti mutazioni del gene NF1 in 4 pazienti con gliomi cerebrali non-ottici dello stesso tipo e grado istologico. Nessuna delle nuove mutazioni è stata trovata in cento cromosomi di controllo di un gruppo di individui sani provenienti dallaSicilia e dalla Calabria. Queste nuove mutazioni contribuiscono alla definizione dello spettro mutazionale della linea germinale di NF1. La DHPLC conferma essere un rapido, efficente ed accurato mezzo per l analisi mutazionale di NF1.
A.A. 2004/2005
Fisiopatologia della morte cellulare
16.
The identification of mutations in the neurofibromatosis type 1 (NF1) gene has presented a considerable challenge because of the large size of the gene, the lack of significant mutational clustering, the diversity of the underlying pathological lesions and the presence of NF1 pseudogenes. Recently, denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) has been successfully applied to the mutational screening of NF1 yielding mutation detection rates of between 68% and 72.5%. To further testing its suitability in a routine diagnostic setting we evaluated prospectively, by means of DHPLC and DNA sequencing, all 60 exons and splice junction of the NF1 gene in a panel of 85 consecutive, genetically uncharacterized, NF1 patients (43 familial and 42 sporadic cases) from Sicily and Calabria (southern Italy). Germ-line mutations were identified in 64 subjects: twenty of these alterations were novel including two stop codons: c.3574G>T (E1192X) and c.4078C>T (Q1360X); five nucleotide substitutions: c.3327A>C (L1109F), c.3577T>A (F1193I), c.4180A>G (N1394D), c.4193T>A (V1398D), c.6364G>C (E2122Q); five small insertions: c.310_1insTAGCATAAACGATGCTGGTCCAGCA, c.1074_5insGAACCTGCTTTTT, c.4511_2insA, c.6488_9insA, c.6792_3insC ; six small deletions: c.4508delG, c.4625delA, c.5524delA, c.7017delT, c.7084_9delAACTCT, c.7365delT and two splice site mutations c.4269+1G>A, c.7806+1G>A. We also demonstrated four different NF1 gene mutations in four patients who had non-optic pathways brain gliomas of the same histological type and grade. None of the novel mutations was detected in 100 control chromosomes from a group of healthy individuals from Sicily and Calabria. These novel mutations contribute to the definition of the germ-line mutational spectrum of NF1. DHPLC confirms to be a rapid, efficient and accurate tool for NF1 mutational analysis.
neurofibromatosis type 1; NF1; germ-line mutation; mutational analysis; DHPLC
neurofibromatosi tipo 1; mutazione della linea germinale; analisi mutazionale
Settore BIO/17
Italian
Tesi di dottorato
Peluso, G. (2006). La neurofibromatosi di tipo I: uno studio di correlazione genotipo-fenotipo condotto su pazienti del sud Italia affetti da NF1.
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