MALDI-TOF MASS SPECTROMETRY APPLICATION TO THE STUDY OF VIRUS-HOST INTERACTIONS Federica Fratini Viene definito proteoma l’insieme di tutte le proteine espresse dal sistema in studio nelle determinate condizioni in cui viene osservato. Le proteine giocano un ruolo significativo nella risposta del sistema immunitario e nelle interazioni fra l'agente patogeno e l'ospite, oltre alle loro funzioni chiave nel metabolismo cellulare, nel signaling intra- e inter-cellulare. Il lavoro di questa tesi ha avuto come scopo quello di investigare, mediante analisi proteomica, i meccanismi di replicazione di HCV e l'effetto dell'infezione nella cellula ospite. Volendo osservare l'interazione virus-ospite, vale a dire la reazione immunitaria dell’ospite alla presenza di un virus, abbiamo applicato l'analisi proteomica allo studio della Crioglobulinemia Mista, una della manifestazioni extracellulari più comuni dell'infezione da HCV. Inoltre, per testare questo approccio nell'indagine su interazioni virus-ospite, è stato applicato lo stesso sistema di analisi a cellule infettate con SARS-CoV. La strategia sperimentale di base consisteva nel confrontare il proteoma delle cellule huh7 (controllo) e trattate (transfettate con il replicone di HCV o infettato con SARS-CoV). Le differenze qualitative e quantitative sono state annotate mediante analisi di immagine e le proteine di interesse tagliate e digerite per l’identificazione mediante spettrometria di massa. Nel caso dei crioprecipitati ottenuti da pazienti HCV, sono state analizzate tutte le proteine. L'applicazione della separazione elettroforetica bidimensionale 2D-PAGE in combinazione con l’analisi allo spettrometro di massa MALDI-TOF nello studio delle interazioni virus-ospite non sempre sembra dare i risultati sperati. HCV è un virus con una velocità di replicazione molto bassa, che sembra poter indurre un'infezione cronica persistente senza disturbare le normali funzioni delle cellule ospiti. L'applicazione dello stesso metodo nello studio dell’infezione con SARS-CoV sembra essere più promettente. Per quanto riguarda la caratterizzazione delle crioglobuline, questo metodo ha permesso l'identificazione del contenuto proteico dei crioprecipitati. Sono state identificate 20 proteine ed è stata conferamta la presenza di IgM-RF monoclonali, idiotipo WA e della proteina Spα associata alle IgM. Questo lavoro ha fornito informazioni interessanti e, speriamo, utili nella comprensione dei meccanismi di risposta del sistema immunitario ed i relativi malfunzionamenti come possibili cause di patogenesi.

Fratini, F. (2006). MALDI-TOF MASS SPECTROMETRY APPLICATION.

MALDI-TOF MASS SPECTROMETRY APPLICATION

2006-03-10

Abstract

MALDI-TOF MASS SPECTROMETRY APPLICATION TO THE STUDY OF VIRUS-HOST INTERACTIONS Federica Fratini Viene definito proteoma l’insieme di tutte le proteine espresse dal sistema in studio nelle determinate condizioni in cui viene osservato. Le proteine giocano un ruolo significativo nella risposta del sistema immunitario e nelle interazioni fra l'agente patogeno e l'ospite, oltre alle loro funzioni chiave nel metabolismo cellulare, nel signaling intra- e inter-cellulare. Il lavoro di questa tesi ha avuto come scopo quello di investigare, mediante analisi proteomica, i meccanismi di replicazione di HCV e l'effetto dell'infezione nella cellula ospite. Volendo osservare l'interazione virus-ospite, vale a dire la reazione immunitaria dell’ospite alla presenza di un virus, abbiamo applicato l'analisi proteomica allo studio della Crioglobulinemia Mista, una della manifestazioni extracellulari più comuni dell'infezione da HCV. Inoltre, per testare questo approccio nell'indagine su interazioni virus-ospite, è stato applicato lo stesso sistema di analisi a cellule infettate con SARS-CoV. La strategia sperimentale di base consisteva nel confrontare il proteoma delle cellule huh7 (controllo) e trattate (transfettate con il replicone di HCV o infettato con SARS-CoV). Le differenze qualitative e quantitative sono state annotate mediante analisi di immagine e le proteine di interesse tagliate e digerite per l’identificazione mediante spettrometria di massa. Nel caso dei crioprecipitati ottenuti da pazienti HCV, sono state analizzate tutte le proteine. L'applicazione della separazione elettroforetica bidimensionale 2D-PAGE in combinazione con l’analisi allo spettrometro di massa MALDI-TOF nello studio delle interazioni virus-ospite non sempre sembra dare i risultati sperati. HCV è un virus con una velocità di replicazione molto bassa, che sembra poter indurre un'infezione cronica persistente senza disturbare le normali funzioni delle cellule ospiti. L'applicazione dello stesso metodo nello studio dell’infezione con SARS-CoV sembra essere più promettente. Per quanto riguarda la caratterizzazione delle crioglobuline, questo metodo ha permesso l'identificazione del contenuto proteico dei crioprecipitati. Sono state identificate 20 proteine ed è stata conferamta la presenza di IgM-RF monoclonali, idiotipo WA e della proteina Spα associata alle IgM. Questo lavoro ha fornito informazioni interessanti e, speriamo, utili nella comprensione dei meccanismi di risposta del sistema immunitario ed i relativi malfunzionamenti come possibili cause di patogenesi.
2004/2005
MALDI-TOF
CRYOGLOBULINS
HCV
2D-PAGE
Settore BIO/11
en
Tesi di dottorato
Fratini, F. (2006). MALDI-TOF MASS SPECTROMETRY APPLICATION.
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