In questi ultimi anni è stato ampiamente dimostrato e riportato dalla letteratura scientifica che, per scopi medico-legali e antropologici, vi è molto spesso la necessità di utilizzare banche dati di DNA mitocondriale e del NRY(regione non ricombinante sul cromosoma Y) in grado di combinare le informazioni sul genoma con informazioni geografiche. La somma di queste due informazioni consente di individuare le regioni nel mondo dove la frequenza di marcatori, o combinazioni di marcatori identici a quelli cercati (ad esempio in una traccia biologica qualsiasi) è più alta, ovvero di attribuire una o più regioni più probabili come origini del soggetto o della traccia. In particolare i marcatori del cromosoma Y ereditati con la linea paterna consentono la ricostruzione della storia naturale sulla base delle mutazioni via via acquisite. L'identificazione di sotto-aplogruppi (che fanno riferimento alla variazione della regione non ricombinante del cromosoma Y), la definizione della loro distribuzione geografica e la quantificazione della loro variazione interna, possono dare importanti informazioni sui processi migratori antichi e recenti e su eventi demografici che, avendo lasciato tracce nella struttura genetica delle popolazioni moderne, ce ne raccontano la storia. L'applicazione web sviluppata, chiamata Y-nvestigation, permette, tramite la costruzione di apposite banche dati, di raccogliere informazioni di tipo biologico su tale cromosoma, combinare tali informazioni sul genoma con i relativi dati geografici, esplorare quindi la variazione genetica e la distribuzione geografica dei tipi di cromosomi Y tramite la visualizzazione di mappe principalmente dello spazio eurasiatico.

Petricone, D., Novelletto, A., Vigliano, L. (2019). Y-nvestigation: applicazione per analisi geografica della variabilità del cromosoma Y. In V. Marin, P. Salmona (a cura di), FOSS4G-it 2018: 19. Meeting degli utenti italiani di GRASS e GFOSS (pp. 88-97). Geomorfolab – DAD – Università degli Studi di Genova.

Y-nvestigation: applicazione per analisi geografica della variabilità del cromosoma Y

Petricone, D
;
Novelletto, A;Vigliano, L
2019-05-08

Abstract

In questi ultimi anni è stato ampiamente dimostrato e riportato dalla letteratura scientifica che, per scopi medico-legali e antropologici, vi è molto spesso la necessità di utilizzare banche dati di DNA mitocondriale e del NRY(regione non ricombinante sul cromosoma Y) in grado di combinare le informazioni sul genoma con informazioni geografiche. La somma di queste due informazioni consente di individuare le regioni nel mondo dove la frequenza di marcatori, o combinazioni di marcatori identici a quelli cercati (ad esempio in una traccia biologica qualsiasi) è più alta, ovvero di attribuire una o più regioni più probabili come origini del soggetto o della traccia. In particolare i marcatori del cromosoma Y ereditati con la linea paterna consentono la ricostruzione della storia naturale sulla base delle mutazioni via via acquisite. L'identificazione di sotto-aplogruppi (che fanno riferimento alla variazione della regione non ricombinante del cromosoma Y), la definizione della loro distribuzione geografica e la quantificazione della loro variazione interna, possono dare importanti informazioni sui processi migratori antichi e recenti e su eventi demografici che, avendo lasciato tracce nella struttura genetica delle popolazioni moderne, ce ne raccontano la storia. L'applicazione web sviluppata, chiamata Y-nvestigation, permette, tramite la costruzione di apposite banche dati, di raccogliere informazioni di tipo biologico su tale cromosoma, combinare tali informazioni sul genoma con i relativi dati geografici, esplorare quindi la variazione genetica e la distribuzione geografica dei tipi di cromosomi Y tramite la visualizzazione di mappe principalmente dello spazio eurasiatico.
8-mag-2019
Settore INF/01 - INFORMATICA
Settore BIO/18 - GENETICA
Italian
Rilevanza nazionale
Articolo scientifico in atti di convegno
cromosoma Y; bioinformatica; GIS
Petricone, D., Novelletto, A., Vigliano, L. (2019). Y-nvestigation: applicazione per analisi geografica della variabilità del cromosoma Y. In V. Marin, P. Salmona (a cura di), FOSS4G-it 2018: 19. Meeting degli utenti italiani di GRASS e GFOSS (pp. 88-97). Geomorfolab – DAD – Università degli Studi di Genova.
Petricone, D; Novelletto, A; Vigliano, L
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Descrizione: Y-nvestigation: applicazione per analisi geografica della variabilità del cromosoma Y
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